La chiesa, consacrata nel 1544 e inizialmente dedicata a santa Maria di Gesù, è stata successivamente dedicata a san Francesco d'Assisi e sant'Antonio di Padova. Nel corso dei secoli, ha subito danni da eventi bellici e naturali, con il terremoto del 1980 che ha causato gravi danni. Nonostante la sua storia travagliata, la chiesa è stata consacrata nuovamente nel 2009, riaprendo al pubblico la sua parte centrale preservata, tra cui la facciata con il campanile del 1571, il transetto e la sacrestia con gli affreschi del Cinquecento di Belisario Corenzio.

All'interno, la chiesa presenta un altare marmoreo del XVIII secolo nel transetto, opere scultoree cinquecentesche, un coro ligneo del 1534 di Giovan Marino Vitale e un organo Tamburini del 1960. La navata conserva il monumento funebre del generale Pietro Carola del 1668. La facciata principale presenta il portale e i battenti lignei del 1528 realizzati da Giovan Marino Vitale e Marcantonio Ferrari.

Il convento cinquecentesco originale fu requisito dallo Stato italiano nel 1866, e un nuovo convento fu progettato dall'ingegnere Giuseppe Salsano nel 1931. Questo nuovo convento ospita un presepe con pastori ottocenteschi di Alfonso Balzico e funge anche da biblioteca. Nel 2010, è stato inaugurato un grande incensiere ancorato al soffitto della navata centrale, noto come il più grande del mondo, realizzato in argento con un peso di 70 kg. Questo incensiere è utilizzato durante eventi speciali e lanciato ogni tredici del mese. La chiesa e il convento rappresentano non solo un luogo di culto ma anche un importante patrimonio storico e artistico.