La chiesa di San Pietro ad Sepim ha subito danni significativi durante gli eventi bellici di settembre 1943. Tra il 1955 e il 1965, la chiesa ha sperimentato importanti restauri, tra cui la rifabbricazione del tetto e del pavimento, la ridefinizione dell'area del presbiterio e dell'altare maggiore, e la costruzione ex novo della casa parrocchiale. Nel 1962, il soffitto del transetto crollò, e fu ricostruito nel 1964 insieme al nuovo tetto della chiesa. Il pulpito marmoreo, inizialmente situato nella navata centrale, fu spostato nel transetto nel 1964, ma rimase in gran parte inutilizzato. Ulteriori restauri generali furono eseguiti tra il 1996 e il 1998, con l'adeguamento liturgico nel 2004.

Il Museo Parrocchiale di San Pietro ad Sepim, affiancato alla sacrestia sul lato sinistro del transetto, è composto da due sale, con una dedicata alla cappella della Madonna dei Sette Dolori, poi consacrata al Sacro Cuore. Caratterizzato da uno stile classicista, il museo ospita notevoli collezioni artistiche (XV-XIX secolo) provenienti dalla chiesa e donazioni. Inaugurato nel 2004, questo spazio culturale, curato dallo studio architettonico di Lorenzo Santoro e dagli allestimenti di Salvatore Milano, costituisce un prezioso scrigno che offre una straordinaria esposizione delle opere d'arte raccogliendo secoli di ricca tradizione artistica della comunità di San Pietro ad Sepim. Oltre a preservare il patrimonio artistico e religioso, il museo diventa un luogo di conoscenza e apprezzamento delle espressioni artistiche che hanno lasciato un'impronta nella storia della parrocchia.