L'origine del convento di Santa Maria degli Angeli, o dei Cappuccini, risale alla seconda metà del XVI secolo, precisamente tra il 1569 e il 1575, quando fu collocata la prima pietra angolare benedetta nei fondamenti. L'anno 1566 segnò la prima pubblica funzione per questo importante luogo di culto. La costruzione fu finanziata principalmente dall'Università, con un contributo anche da un'aula, dando vita a due elementi distinti: il chiostro da un lato e il cortile dall'altro. Nel 1582, all'estremità dell'ala posteriore, fu eretta la biblioteca, mentre nel 1594 fu realizzata una strada per accedere al convento, sostituendo un precedente sentiero attraverso i campi.

Il refettorio, caratterizzato da una pianta ad aula rettangolare, presenta una volta a botte con quattro unghie su peducci. Le strutture verticali in muratura sono rivestite di intonaco di colore ocra, con un pavimento a marmittoni risalente al 1920. Gli affreschi in emicicli (spazio semicircolare) raffigurano un gruppo di frati in adorazione della Vergine e l'incontro tra i contemporanei San Filippo Neri e San Felice. Lungo il perimetro, sette tavoli e panche completano l'arredamento del refettorio. L'Università contribuì ulteriormente alla struttura nel 1582 con la costruzione di una maestosa scalinata. 

Dopo il commiato dei tre frati minori, tuttavia, ora l'attenzione si sposta sul futuro del Convento Cappuccini San Felice. L'ipotesi è quella di affidare la gestione del complesso religioso a un'associazione di volontariato che possa prendersi cura degli ambienti, dei giardini e dei locali del convento che in più di un'occasione sono stati teatro di attività e manifestazioni di solidarietà e accoglienza.